Botnegras er en flerårig, glatt vannplante med hul blomsterstengel som hever seg over vannflaten. Bladene er linjeformede til avlange, har to luftkanaler, og sitter samlet i en grunnstilt rosett.

Planten blomstrer i juli-august med lyseblå til hvite blomster (15-20mm) med 2-delt leppe som sitter i en endestilt, fåblomstret klase. Overleppen har to fliker, mens underleppen har tre. De fem pollenbærernes knapper er sammenvokste til et rør. Frukten er en hengende kapsel med mange små frø.

Botnegras er en karakterart i oligotrofe (næringsfattige) innsjøer og tjern, hvor den kan vokse på opptil 3 meters dyp. Planten tilhører en gruppe av arter kalt isoetider, det vil si arter som har hele bladrosetten under vann. Planten er veldig karakteristisk og kan neppe forveksles med andre arter.

Botnegras er forholdsvis vanlig nord til Lofoten.