Botnegras er en flerårig, glatt vannplante med hul blomsterstengel som hever seg over vannflaten. Bladene er linjeformede til avlange, har to luftkanaler, og sitter samlet i en grunnstilt rosett.

Planten blomstrer i juli-august med lysebl√• til hvite blomster (15-20mm) med 2-delt leppe som sitter i en endestilt, f√•blomstret klase. Overleppen har to fliker, mens underleppen har tre. De fem pollenb√¶rernes knapper er sammenvokste til et r√łr. Frukten er en hengende kapsel med mange sm√• fr√ł.

Botnegras er en karakterart i oligotrofe (n√¶ringsfattige) innsj√łer og tjern, hvor den kan vokse p√• opptil 3 meters dyp. Planten tilh√łrer en gruppe av arter kalt isoetider, det vil si arter som har hele bladrosetten under vann. Planten er veldig karakteristisk og kan neppe forveksles med andre arter.

Botnegras er forholdsvis vanlig nord til Lofoten.