Jonsokkoll er en to- til flerårig plante med en karakterisk pyramideformet oppbygging. Stengelen er 4-kantet, opprett (ca. 20 cm høy), og hårete helt rundt.

Støttebladene er hårete, omvendt eggrunde i formen og sitter i fire tettsittende rekker i avtagende størrelse oppover stengelen, slik at planten får den velkjente og karakteristiske pyramideformen mens den er ung. Bladene er alltid lengre enn blomstene, og har blått eller fiolett skjær. Rosettbladene har stilk og ligger flatt trykt mot bakken.

Jonsokkoll blomstrer i mai-juni med lyst blÃ¥fiolette, sjeldent hvite, blomster (10-18 mm lange) med hvite tegninger i et tett bladrikt aks. Blomstene sitter innimellom bladene, og har en sterkt redusert, uanselig overleppe. PollentrÃ¥dene er snaue med gule pollenknapper og stikker lite ut av blomsten. Fruktene spres med maur.

Jonsokkollslekten (Ajugis) er representert med 3 ulike arter i Norge, hvor jonsokkoll er den klart vanligste. De andre to er storjonsokkoll (A. genevensis) og krypjonsokkoll (A. repens).

Planten vokser på frisk, humusrik, nitrogenfattig jord, og vi finner den i veikanter, skogsbryn, åpen skog, enger, rasmark og sørberg. Jonsokkoll er en svært vanlig plante i Norge, nord til Lofoten, for så å bli sjeldnere i Troms og Finnmark.